備考欄に示された内容も常用漢字表に含まれると考えます。したがって、検定でも出題対象となります。また、採点する際は備考欄の内容も考慮します。
（例：常用漢字表の「十」の音訓欄に「ジッ」の読みがあるが、備考欄に「「ジュッ」とも。」とある。「十回」の読みは「じっかい」「じゅっかい」とも正解になる。）